第一部分
第一幕

剧目开始于9¾站台，紧接着《死亡圣器》的结尾，剧情稍有变化。阿不思·波特和罗丝·格兰杰－韦斯莱和他们的父母告别，登上了火车。哈利·波特、金妮·韦斯莱和罗恩·韦斯莱、赫敏·格兰杰一直担心他们的孩子是否会有事。罗恩想起他在霍格沃茨的场景，真希望和他们能够一同去。

阿不思和罗丝在车厢里找座位坐下。罗丝提醒阿不思，他们的父母就曾经在火车上遇到了终身的朋友，希望他们也能够和未来的朋友坐在一起。他们打开了一个隔间的门，看到斯科皮·马尔福坐在那里。他们腼腆地介绍了一下自己，斯科皮开玩笑地说他们的父母之前的过往。阿不思和斯科皮很聊得来，而罗丝却希望看看其他的车厢。阿不思留了下来，并且和斯科皮成了很好的朋友，一路上一起分享着糖果和许多趣事。

当火车到达霍格沃茨时，学生准备参加分院仪式。分院帽将罗丝分在了格兰芬多，而阿不思和斯科皮则被分到了斯莱特林。阿不思和斯科皮一起坐在桌子边。不过，阿不思却因为波特家族的成员被分进斯莱特林学院而被人取笑。阿不思没有魔法天赋，在飞行课上手忙脚乱，被其他的孩子们称作"斯莱特林的哑炮"。

接下来的三年时间对于阿不思来说十分艰难，他开始觉得应该将自己从父亲的名号和光环中脱离出来，因为他总是做不到被人期许的事情。而罗丝在霍格沃茨却非常受欢迎，还成了格兰芬多魁地奇球队的追球手。

当阿不思告诉哈利，他希望在第四学年开始前自己去站台后，哈利被深深地伤害了，认为这一定和斯科皮·马尔福有关，让阿不思不要再和斯科皮来往。阿不思拒绝了。在阿不思离开后，德拉科·马尔福上门拜访哈利，希望他能够帮助结束他和妻子不能怀孕、使用时间转换器回到过去有了伏地魔的孩子的谣言。哈利说他无法做到，马尔福只得离开。

第二年夏天，哈利·波特在魔法部的帮助下找到了西奥多·诺特制作的时间转换器。已经成为魔法部部长的赫敏去看望哈利，希望他能够完成他还未做完的文书工作以及其他任务。哈利提醒她，自己在平时有许多工作要做，而他本人最近又发现了一个危险的物品。赫敏和哈利都认为时间转换器应该被摧毁。他们把它拿走了。

几个月后，阿莫斯·迪戈里来到哈利的家里，问他是否可以使用时间转换器回到过去，救下塞德里克·迪戈里。哈利拒绝了，说自己不能随意改变时间。与此同时，阿不思偷听到了两人的谈话，并注意到一个女孩朝他走来。这个女孩说自己叫黛菲妮，是阿莫斯的侄女和看护。她在阿莫斯说哈利冷血、并让她送自己回家的时候，对这一切表示了道歉。

孩子们返校的前一天，哈利希望和阿不思聊聊，希望他能够看到光明、有所改变。他将自己被送到德思礼一家时包裹的毯子送给了阿不思，这是他在佩妮·德思礼逝世后不久发现的。阿不思对这个礼物并不太在意，并且试图让父亲理解自己在学校的感受。为了表达自己的想法，阿不思说自己有事希望他并不是哈利的儿子，因为家族的姓氏在学校没有给他任何帮助。哈利也说，有时候他也希望阿不思不是自己的儿子，这让阿不思也十分伤心。哈利后悔自己说出的话，但伤害已经造成了。

晚上睡觉之前，哈利和金妮谈起了这件事。金妮说事情会过去的，但是哈利却无法原谅他自己。那晚，哈利做了一场噩梦，伤疤多年来也第一次开始感到疼痛。第二天，阿不思很伤心地准备登上去霍格沃茨的火车，开始第四学年的学习。他想带上时间转换器，回到过去救出塞德里克。罗丝试图和他和好，因为他们在从霍格沃茨上学开始就分道扬镳。不过，她承认这是她父母让她这样做的，所以罗丝的努力并没有成功。不过，罗丝确认了时间转换器的存在。

当阿不思见到斯科皮时，很明显他们俩这个夏天都过的不怎么样。阿不思说出了他和父亲的争执以及阿莫斯的要求，而斯科皮则告诉阿不思，自己的母亲已经在暑假逝世。他们决定不登上火车，离开霍格沃茨去寻找时间转换器。他们试图寻找离开火车的办法，决定从火车的车顶上跳下去。不过，他们被出售蜂蜜公爵糖果的手推车女巫抓住，她告诉两个人，火车不喜欢在它抵达霍格沃茨前就离开它的学生。女巫的手变成了爪子，将两个孩子抓回了火车。但是，他们最终还是想办法逃离了火车。

他们一起去了阿莫斯所居住的护理院，并且找到了黛菲妮。他们把自己的计划告诉了阿莫斯，并且得到了他的同意。在黛菲妮的帮助下，他们使用复方汤剂变成了哈利、罗恩和赫敏的样子，来到魔法部寻找时间转换器。他们知道转换器就在赫敏的办公室。正当他们要拿到的时候，真的赫敏来走进了办公室。阿不思冒充的罗恩为了拖住赫敏，说他们应该再要个孩子，或者一起去度个假。赫敏觉得罗恩有些烦人，但这已经让他们有足够的时间找到时间转换器，并且离开办公室。

与此同时，赫敏就哈利做了噩梦、伤疤也再次疼痛的事情开了一个会。然而，没人意识到这是一个威胁。随后，他们得知自己的孩子失踪，并没有回到霍格沃茨。金妮认为阿不思是由于之前和父亲的对话而选择离开。德拉科·马尔福随后也出现在他们的家里，因为自己的儿子也失踪了。他认为哈利对阿不思说了那样的话，要对此负责。他们决定暂时放下宿怨，一起去寻找孩子。

第二幕

阿不思说他们需要阻止塞德里克赢得三强争霸赛冠军，从而救他的命。他们觉得黛菲妮应该留下，因为她的年龄已经远远超过在霍格沃茨上学的年龄。他们回到过去，在第一个项目中解除了塞德里克的武器，让他无法拿到金蛋。但是，斯科皮发现时间转换器开始剧烈摇晃，意识到有些事变得不对劲。他们一起返回了现在，阿不思也受了伤。

与此同时，哈利做了一个梦。梦中阿不思和斯科皮正在禁林中。就在他、罗恩和金妮在搜索的时候，他们遇见了马人贝恩。贝恩告诉他们，一片“乌云”正笼罩着阿不思。他们在禁林中找到了从过去回来的阿不思，并把他送到了霍格沃茨校医院。阿不思睡着后，哈利去找阿不思·邓布利多的肖像谈话。画中的阿不思让哈利看看阿不思到底是谁。他觉得哈利对阿不思的期望有失公平。

阿不思醒来后，他发现自己已经创造了一条新的时间线。他现在已经是格兰芬多学院的学生，而罗恩和赫敏则从未走到一起，罗丝也就因此不存在了。他发现塞德里克还是死了。哈利再一次告诉阿不思，让他断绝和斯科皮的来往。

在阿不思以格兰芬多学生的身份开始另外一种生活后，他开始躲避斯科皮。赫敏现在成了黑魔法防御术课的老师，阿不思觉得她很刻薄。黛菲妮来到了霍格沃茨，希望让阿不思和斯科皮和好如初。他们决定一起改正错误，回到到第二个项目进行的时候，希望让塞德里克失去更多得分，以拯救他的性命。

事成之后，只有斯科皮一个人回到了现在。他们已经彻底改变了时间和未来，哈利·波特也在霍格沃茨之战中阵亡。这意味着，阿不思不复存在。伏地魔赢得了胜利，现在在霍格沃茨教授着他的黑魔法。乌姆里奇教授作为霍格沃茨的新任校长返回学校，在他向她询问关于哈利·波特的事情时，她说斯科皮看起来怪怪的。

第二部分
第三幕

乌姆里奇教授希望弄清为什么斯科皮仍旧举止怪异。她告诉他，今天是伏地魔日，而他则是纯血统学生中的楷模。斯科皮离开后，乌姆里奇把手握起放在胸口说道，“为了伏地魔和勇者”。斯科皮发现自己在霍格沃茨是个很受欢迎的学生，所有人都想帮他完成功课。他被人称为“斯科皮王”，女生们都希望自己能够受他的邀请参加鲜血舞会。

斯科皮决定再次改变时间。他去寻找自己已经成为魔法法律执行司司长的父亲，却没有得到任何帮助。他只得去找仍然在世、留在霍格沃茨授课的斯内普教授。事实上，斯内普仍旧是邓布利多军的秘密成员。他们一起来到邓布利多军总部，找到了已经躲藏多年的罗恩和赫敏。在得知他们在原来的时间线里曾经在一起后，罗恩和赫敏表示十分惊讶。

斯内普告诉斯科皮，他们必须回到原来的时间点，阻止另一个自己改变时间。但就在他们准备这样做的时候，赫敏、罗恩和斯内普受到了摄魂怪的袭击。斯科皮离开时，斯内普让他告诉哈利，自己对他感到骄傲。

计划最终奏效，他们返回了原来的时间线。麦格教授对两个人改变了世界感到非常生气。他们的父母并没有十分生气，麦格提醒他们，两个孩子所创造的有很大危险。哈利来到阿不思的宿舍里，通过一番对话，他们和好如初。

阿不思和斯科皮把时间转换器弄丢了。他们决定先不告诉父母，并且一同去丢失的湖里寻找。他们决定一起把它销毁。找到后，他们来到猫头鹰屋，并像之前约定的一样与黛菲妮见面。黛菲妮同意一同摧毁转换器，但是却露出了自己身上的卜鸟纹身。斯科皮想起在第二次更改的时间线里，伏地魔的得力助手身上就有一个同样的纹身，觉得十分奇怪。黛菲妮说自己的监护人是尤菲米娅·罗尔，而罗尔夫妇都是食死徒。

黛菲妮揭示了自己的本来面目。她根本不想摧毁时间转换器，而是使用它回到过去，阻止伏地魔被杀。她希望开启一个黑暗时代。她折断了两个人的魔杖，并杀死了被派来照顾他们、名叫克莱格的级长。她让阿不思和斯科皮与自己一起回到进行三强争霸赛第三个项目的时候。

阿不思和斯科皮记得，时间转换器只允许他们在过去停留五分钟。他们试图拖住黛菲妮，并遇到了塞德里克·迪戈里。塞德里克帮助阿不思和斯科皮拿回了时间转换器，认为这只是比赛中的一个障碍。他离开的时候，阿不思和斯科皮告诉他，他的父亲其实非常爱他。不过，在迪戈里离开后，黛菲妮还是设法抢回了转换器。她决定返回更早的未来，并在到达之后摧毁时间转换器，丢下阿不思和斯科皮自生自灭。

第四幕

哈利、金妮和德拉科发现他们的孩子再次失踪了，而上次见到他们的时候，他们正和黛菲妮在一起。他们还发现阿莫斯用猫头鹰给孩子们送了信，就找他询问。阿莫斯否认自己送了信，但当听到哈利一行人提到他的侄女黛菲妮的时候，阿莫斯说自己并没有侄女。他们来到黛菲妮的房间，发现她认为自己是伏地魔的女儿。可是，他们仍然不知道自己的孩子去了哪里，只能焦急地等待，直到发现更多的线索。


阿不思和斯科皮发现他们回到了1981年的10月30日——詹姆和莉莉·波特遇害的前一天。他们认为黛菲妮想亲自杀死哈利，这样咒语就不会反弹到伏地魔的身上。两人来到戈德里克山谷寻找詹姆、莉莉和哈利。他们打算告诉所有人未来发生了什么，并在哈利的毯子上留下给未来的信息。

哈利、金妮发现了阿不思和斯科皮从过去留下的消息。他们连同赫敏、罗恩与德拉科一起，寻找营救他们的办法。德拉科告诉他们，他的父母有一个秘密的时间转换器，比他们孩子使用的原型要先进很多。

他们回到了从前，并找到了孩子们。金妮意识到黛菲妮只想阻止伏地魔走进房子杀死波特一家人，使得后面失去力量的事情不再发生。她觉得黛菲妮会认为伏地魔会爱自己，于是让哈利第二天伪装成伏地魔的模样，将黛菲妮逮捕。

一开始，这个计划进行得很完美。黛菲妮恳求哈利假扮的伏地魔接受自己，并透露自己是伏地魔和贝拉特里克斯·莱斯特兰奇的女儿，霍格沃茨之战前出生于马尔福庄园。哈利假装接受了她，但伪装成伏地魔时所用咒语的效果渐渐消失。黛菲妮认出了哈利，变得十分失望。黛菲妮和哈利开始决斗，但哈利的朋友和阿不思赶上来帮助他。黛菲妮停了下来，说她只想了解自己的父亲。哈利告诉她，自己能够理解没有父母的感觉，但过去不能被改变。

真正的伏地魔出现了，准备杀死波特一家。黛菲妮试图喊他的名字，但被赫敏和德拉科阻止。哈利决定留下来，看自己父母被伏地魔杀害，希望这能够结束一切。阿不思也陪着他。后来海格出现，带着还是婴儿的哈利前往了德思礼一家。所有人都返回了现在，而黛菲妮被送进了阿兹卡班监狱。

阿不思和斯科皮回到霍格沃茨，并见到了罗丝。斯科皮希望和罗丝约会，却被拒绝了。不过，她允许他吻自己的脸颊。哈利带着阿不思一起去了自己每年都会取的塞德里克的坟墓。在那里，父子二人终于修复了破裂的关系。